校長層級之下劃分為教學單位、行政單位及附屬機構。
教學單位層級之下有 8 個單位
- 醫學院
- 口腔醫學院
- 藥學院
- 護理學院
- 健康科學院
- 生命科學院
- 人文社會科學院
- 通識教育中心
行政單位層級之下有 12 個單位
- 研究發展處
- 教務處
- 學生事務處
- 總務處
- 圖書資訊處
- 國際事務處
- 產學營運處
- 稽核室
- 秘書處
- 人力資源室
- 會計室
- 環境保護暨安全衛生室
附屬機構層級之下有 9 個單位
- 附設中和紀念醫院
- 附設高醫岡山醫院
- 附設兒童醫院
- 附設高雄市私立大同建國社區(日間照顧)長照機構
- 附設高雄市私立小港汕尾社區(日間照顧)長照機構
- 受委託經營高雄市立小港醫院
- 受委託經營高雄市立大同醫院
- 受委託經營高雄市立旗津醫院
- 受委託興建經營國立清華大學附設桃園醫院
