樓層配置 | 前棟樓層配置 | ||
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| 樓層 | 樓層配置 | 館員工作區 |
| 一樓 | 流通櫃檯 | |
| 二樓 | 參考工具書、專業圖書區、學位論文區、醫學人文區、特色主題專區 (1. 國際關懷醫療專區 2.環境毒物與健康專區 3.早期療育專區 4. 原住民文化與健康專區 5.檳榔與健康效應專區) | - |
| 三樓 | 一般圖書區 |
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| 四樓 | 自修室 | - |
| 後棟樓層配置 | ||
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| 樓層 | 樓層配置 | 館員工作區 |
| 一樓 | 現期專業期刊區、影印區（含微縮資料及翻拍設備）、書活角、特贈圖書展示架、多媒體資訊室、閱讀閱有趣、新書展示區及主題特展區 | - |
| 二樓 | 多元學習空間(研究小間、討論室、主題特展、藝文作品展、藝術/音樂欣賞及過期休閒期刊) | - |
| 三樓 | 早期圖書區（1985以前）、中文期刊合訂本期刊區、日文期刊合訂本期刊區、杜聰明藏書 | 各組聯合辦公室 |
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