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我們飲水思源必須回溯到早年篳路藍縷的開創時代。1992年的高雄醫學院，在謝臥龍、王秀紅二位教授的積極奔走下，成立了濁水溪以南第一個「兩性研究中心」，為我們奠下成立性別研究所的根基。謝臥龍教授精心籌畫，廣泛的購買性別平等教育相關書籍，使得這個中心具有良好的性別研究資源。同時，謝教授也積極奔走，建立人際網絡，不僅滴水穿石地將女性主義與性別意識滲透進南台灣的校園和社區，也培養了眾多推動性別平等育的種籽教師。
2000年春初，高師大力邀謝臥龍老師到該校成立「性別教育研究所」。當時的護理學院院長，也是當初「兩性研究中心」的發起人之一的王秀紅教授(現任衛生署副署長)，於是義無反顧的接手，繼續籌備「性別研究所」。到了2000年底，獲得教育部的批准。2001年性別研究所終於成立，並正式對外招生。
性別研究所成立初期，只有王秀紅與成令方兩位專任教授。因而，我們情商吳嘉苓、唐文慧、夏曉鵑、蕭蘋、楊芳枝等多位知名女性主義學者擔任兼任教師，為本所開設多門性別課程。過去曾在本所任教的老師都與本所維持友好關係，也持續支援本所的教學與學生的指導。
2002年秋，更商請清華歷史系傅大為教授借調到本所擔任專任教授二年。傅教授在性別與醫療上的專業及其多年的教學與研究經驗，不僅是本所重要的學術資產，也和成令方教授為本所立下諸多典章制度。
2003年以來，性別所相繼增聘了王秀雲、陳美華及林津如三位專任助理教授，師資陣容更為堅強。
2006年8月，陳美華助理教授轉教東海大學社會系，因此，我們目前正積極招募新教師中。而新教師的招募將以配合本所的六大課程方向為原則，不但能維持本所的特色，也將能讓學生在性別研究方面奠立良好的基礎。
六大課程的設計以性別為軸心，但也兼顧了本土與西方、理論與實踐、自然與文化等核心學術命題，為本所學生開拓更為廣闊的性別研究視野。
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